文档数据库虽因其灵活性和易用性而受到欢迎，但确实存在一些开发者应考虑的局限性。首先，一个显著的限制是缺乏强一致性保证。与传统的关系型数据库强制执行严格的ACID（原子性、一致性、隔离性、持久性）属性不同，许多文档数据库采用的是最终一致性。这意味着数据更改以异步方式传播，这可能导致暂时的不一致。例如，如果多个用户同时更新同一文档，就存在某些更新可能不会立即对其他用户可见的风险，这可能导致混淆或数据冲突。
另一个限制与查询能力有关。文档数据库通常依赖于键值对，可能不如关系型数据库那样高效地支持复杂查询。虽然它们允许对文档属性进行强大的查询，但在多个文档之间连接数据可能会变得繁琐且效率较低。例如，如果开发者需要将存储在一个文档中的用户数据与存储在另一个文档中的订单数据进行连接，这可能需要额外的编码并可能影响性能。相比之下，SQL数据库专为处理复杂关系而设计，因此更适合具有复杂查询需求的应用。
最后，文档数据库可能对影响多个文档的事务支持不够强大。虽然一些文档数据库提供事务支持，但通常仅限于单个集合内的文档。这对于需要多文档事务的应用程序（例如银行应用，其中用户账户和交易记录的更新必须原子性地进行）来说，可能是一个障碍。这一限制可能导致应用程序逻辑的复杂性增加以及潜在的数据完整性问题。因此，开发者必须仔细评估文档数据库是否符合他们的项目需求和数据建模需要。