文档数据库主要通过嵌入文档和引用来处理文档之间的关系。与使用外键连接表的关系数据库不同，文档数据库允许开发人员在单个文档中包含相关数据或根据需要引用其他文档。这种灵活性反映了文档模型的嵌套能力，使得在不需要复杂连接的情况下更容易管理相关信息。
例如，考虑一个博客应用程序，其中有两个集合：一个用于帖子，另一个用于评论。开发人员可能选择将评论直接嵌入到帖子文档中。这意味着每当检索到帖子时，所有相关的评论都能随之提供。这种方法通过减少收集相关数据所需的查询次数，提高了性能。然而，必须考虑潜在的缺点，如文档大小限制以及与更新嵌套结构相关的复杂性。
在其他情况下，开发人员可能更喜欢使用引用，尤其是在相关数据量较大或跨多个文档共享时。例如，开发人员可能在评论中存储用户 ID，而不是在每个评论帖子中嵌入用户信息，并保持一个独立的用户集合。当需要时，应用程序可以查询用户集合以获取用户详细信息。这种方法促进了数据规范化，保持了文档大小的可管理性，但在检索相关信息时可能会引入额外的复杂性，因为这需要对多个集合进行多次查询。最终，嵌入和引用之间的选择取决于所构建应用程序的具体用例和性能考虑。